高遠湖の畔にあり、古代・中世から現代に至る高遠城と城下町高遠の歴史、文化、人物、民俗などをテーマごとにスポットをあて展示。絵島囲み屋敷（当時の見取り図を元に復元）も併設されている。
また博物館前の庭には、H21年建立の名君保科正之公、生母お静像顕彰碑がある。
※100名城スタンプは24時間設置中。
※保科正之：徳川二代将軍秀忠の子で三代将軍家光の異母弟。保科家の家督を継ぎ高遠藩主となった後、出羽山形藩主、会津藩主となり四代将軍家綱の後見人として幕政を支えた名君。
※絵島：大奥の大年寄で絵島事件により高遠へ流罪となった。花畑の囲屋敷で61歳の生涯を閉じ、遺体は蓮華寺に葬られた。